Формат на файлове GFF

Предишен ◈ Следващото

Преглед

технологии за новото поколение на последователността на външния вид е направила задачата на декодиране на генома на по-прости и по-достъпни. Има програми да бъдат идентифицирани в получената нуклеотидна последователност на даден организъм такива функционални елементи, като гени, екзони, интрони, старт и стоп кодони, мотиви, сплайс сайтове и т.н. И GFF формат често се използва за съхраняване на такива характеристики на генома.







Файл на GFF формат - текстов файл, където всеки елемент от функционалната геном е даден един ред; всеки ред съдържа девет полета, разделени от раздели. Такъв файл структура позволява лесно и бързо да извлече необходимите данни и да ги обработва чрез средства като Баш (например, Впиши команда, вид и т.н.), прости скриптове Awk и Perl.

Ето един пример файл във формат GFF:

файлов формат структура GFF

  • seqname - име последователност обикновено е идентификатор на последователността, която се намира в включена FASTA файла. и номера за достъп в база данни, такива като, например, EMBL / Genbank / DDBJ, за търсене на последователност;
  • източник - определяне характеристики източници, които могат да бъдат програма или база данни, или експериментално изпитване;
  • функция - името на вида, характеристики, примери за видове стандартни спецификации са "основни", "start_codon" (стартов кодон), "stop_codon" (стоп кодон), "екзон" (екзон);
  • начало - начална позиция характеристика номер на последователност, първата основа е номерирана 1;
  • край - номер на крайна позиция в последователността на характеристики;
  • отбележи - резултат 0-1000; в случая. когато не оценка (например, за сензор, който просто запис присъствието на възможно сигнал) използва означението "."
  • нишка - допустимата стойност за обозначаване вериги "+", "-", последният се отбелязва, когато веригата не принадлежи на някой от първите два вида. "; във втория формат версия GFF2. '' Той се използва за означаване на верига на РНК или протеин;
  • кадър - може да получи валидните стойности '0', '1', '2', '.' "0" показва наличието на споменатата част на секвенция в рамката на четене, т.е. че първата основна част съответства на първата основа на кодон; "1" показва наличието на допълнителна база, т.е. упоменатата втора базова част съответства на първата основа на кодон; "2" означава, че третият основната част съответства на първата основа на кодон; '.' Това е посочено при описанието на парцела не може да се дължи на първите три дела; във втория формат версия GFF2. '' Той се използва за веригата на РНК или протеин;
  • група - незадължително поле се използва за групиране на групи от отделните записи с едно име; например, gruppirovktstsyycha интрони и екзони в предсказването на определен ген (или експериментално доказано генна структура).

Един пример за този файл:

Възможности за използване на GFF

  • Методи за изпитване за определяне на последователността на функционални елементи;
  • Представителство намерени в характеристиките на един експеримент на генома на вируса в GFF формат. Тези "експериментални" GFF-файловете могат да бъдат полезни за проверка на предвидени с използването на биоинформационен геномни елементи;
  • Търсенето на нови, по-сложни функционални елементи на генома, използвайки множество GFF файлове, съдържащи различни характеристики на последователността;
  • GFF е прост и стандартизиран формат, който може да се подава на входа на много програми, които работят с гени.

Програми, които ползват GFF формат:

GFF версия

Има два често използвани версия на формата на GFF файл:

  • [Www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/spec.html General Feature Формат Версия 2 (Sanger Institute)]
  • [Www.sequenceontology.org/gff3.shtml Generic Feature Формат версия 3 (Последователност Онтология Проект)]

[Gmod.org/wiki/GFF2 GFF Версия 2] има няколко недостатъци, по-специално, тя може да бъде само две нива йерархия от характеристики, и следователно не може да се справи с три нива тип йерархия генен транскрипт → → екзон. [Gmod.org/wiki/GFF3 GFF версия 3] елиминира тези и други недостатъци, тъй като той поддържа произволен брой нива на йерархия. Формат [формат mblab.wustl.edu/GTF22.html Джийн трансфер] (GTF) е усъвършенстване на втората версия GFF2, а понякога и по-нататък GFF2.5. Първите 8 полета са същите като в GFF, а вместо това поле група съхранява атрибут. който включва две необходими качества:

• gene_id стойност - уникален идентификатор за геномен локус препис; ако не е посочено, тогава няма ген, които са свързани със специфични характеристики;

• transcript_id стойност - уникален идентификатор за предсказаната препис; ако не е посочено, тогава няма препис, свързани с описаните характеристики.

Тези качества са предназначени да се справят с множество преписи и същия регион на генома.

Преобразуване GFF2 в GFF3

Има няколко сървъри, което позволява да прехвърляте файлове от GFF2 в GFF3 формат. Въпреки това, всеки един от тях малко по-различно тълкува суровите данни в GFF2 файл, което създава проблеми при превръщането и ограничава възможността за тяхното използване.







Ето няколко точки, което дава възможност за всеки конвертор:

  • Тип функция (тип данни) през третото поле, ако GFF2 съдържа последователност Онтология (SO) в третата колона, а след това те трябва да бъдат по някакъв начин да добавите формат превод GFF3;
  • Група / атрибути (Група / атрибути) в колона 9: много малки разлики.

По-долу е даден списък на някои от тези сървъри, които изпълняват превръщането в GFF2 GFF3:

  • [Www.sanger.ac.uk/resources/software/act/ ACT]
  • [Www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/ Артемида]
  • [Gmod.org/wiki/GFF3#GFF_in_GMOD GMOD]

Напиши мнение за статията "GFF формат на файла"

литература

  • [Www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3848729/pdf/1756-0381-6-15.pdf gff2sequence, приятелски нов потребител инструмент за генериране на геномни последователности]
  • genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format3
  • www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/spec.html
  • www.sequenceontology.org/gff3.shtml
  • gmod.org/wiki/GFF2
  • gmod.org/wiki/GFF3
  • mblab.wustl.edu/GTF22.html
  • www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html

Преминаването описващ GFF за формата на файла

- И какво? - каза Пиер, с изненада погледна странно вълнение на приятеля си и забелязах, външния вид, че той се отказа от получаване на Наташа.
- Имам нужда да, имам нужда да говоря с теб - каза принц Андрю. - Знаеш, че нашите жени ръкавици (той говори за масонските ръкавици, които бяха дадени на новоизбрания брат да представи любимата). - Аз ... Не, аз ще говоря с теб, след като ... - И с един странен блясък в очите му и тревожност в движенията му, принц Андрю отиде до Наташа и седна до нея. Пиер видя, че принц Андрю е поискал от нея, а тя отвърна му се изчерви.
Но в този момент Берг стигна до Пиер, силно го моли да вземе участие в спора между генерала и полковника от испанските работи.
Берг е доволна и щастлива. Smile радост никога не е напускал лицето му. Вечерта беше много добър и съвсем същото като другата вечер, че е видял. Всичко беше като. И дами, нежни разговори и карти, както и карти на генерала, повиши глас и самовар, и бисквити; но все още липсва, това, което той винаги видях в вечери, които желаеше да подражават.
Липсваше силен разговор между мъжете и спора за нещо важно и интелигентен. Обща започна този разговор и му се, че Берг привлече Пиер.


На следващия ден принц Андрю отиде на вечеря Rostovs, както си нарича Граф Иля Andreich, и са прекарали целия ден.
Всичко в къщата усети някой кара принц Андрю, и той не го прикрие, опита се по цял ден, за да бъде с Наташа. Не само в душата на Наташа е страх, но щастливи и ентусиазирани, но в цялата къща се чувствах страх от това, което е важно, е необходимо да се проведе. Графиня тъжни и сериозно строгите очи на принц Андрю, докато говореше с Наташа и плахо започнаха и искрени някакъв тривиален разговор, веднага след като той я погледна. Соня се страхува да напусне Наташа и страхуват да не бъдат неудобство, когато тя е била с тях. Наташа пребледня от страх да не чака, когато тя остава една минута с него лице в лице. Принц Андрю я удари с срамежливостта си. Тя усети, че трябва да й каже нещо, но той не може да вземе решение за това.
Когато принц Андрю отиде през нощта, графинята се приближи до Наташа и каза шепнешком:
- И какво?
- Мамо, за Бога, не ме питайте днес. Невъзможно е да се каже, - каза Наташа.
Но независимо от факта, че вечер, Наташа, а след това се вълнувам, а след това уплашен, спира с очите, лежащи в леглото за дълго време майка. Тя й разказа как го похвали, както той каза, че той ще отиде в чужбина, това, което той иска, където те ще живеят през това лято, след което той я попита за Борис.
- Но това, това ... с мен никога не се е случило! - каза тя. - Само когато ме е страх, че, аз винаги съм уплашен, когато тя, какво означава това? Така, че сега не е, нали? Мамо, спиш?
- Не, мила моя, аз съм много уплашена, - отвърна майката. - Върви.
- Както и да е, аз няма да спя. Какви глупости в леглото? Mamasha, майка, с мен това никога не се е случило! - каза тя с изненада и страх пред чувството, че тя е била наясно с себе си. - И ако можем да мислим за ...!
Наташа изглеждаше, че дори когато тя за първи път видях принц Андрю в имението, тя се влюбва в него. Това е като плашило, че странно, неочаквано щастие, че човекът, когото тя бе избрана тогава (тя е твърдо убеден това), че същото сега отново я срещнах, и, както изглежда, не е безразличен към нея. "И той е трябвало нарочно, сега, че ние сме тук, за да дойде в Санкт Петербург. И това е необходимо за да се срещнем с тази топка. Всичко е съдба. Ясно е, че това е съдбата, че всичко това се извършва това. Дори и тогава, веднага след като го видях, усетих, че нещо специално. "
- Какво каза той за вас все още? Какви са тези стихове, че? Вижте ... - замислено каза на майка си, молейки за стиховете, които принц Андрю Наташа пише в албума.
- Мамо, това не е срам, че той е вдовец?
- Достатъчно, Наташа. Молете се на Бога. Les Marieiages себе шрифта ДАНС ле cieux. [Браковете са в небето.]
- Скъпа моя, майка, аз те обичам, както аз се чувствам добре! - извика Наташа, плачещи сълзи от щастие и вълнение и прегръща майка си.
В същото време принц Андрю седеше с Пиер и му разказа за любовта си към Наташа и взето твърдо намерение да се ожени за нея.

Този ден графиня Елена Vasilyevna е разгром, бе френският посланик, беше принц, който стана наскоро чест посетител на дома на графинята, и много красиви дами и мъже. Пиер е на долния етаж, мина през залите и удари всички гости с неговата концентрация се разсейват и мрачни.
Пиер, тъй като топката се усеща в подхода си пасва на хипохондрия, както и с отчаян опит се опитва да се бори срещу тях. Тъй като конвергенция на принца със съпругата си, Пиер-неочаквано бе предоставена на дворцовия, и от този момент той започва да се чувства тежестта и срам в голям общество, а често и тя започна да дойде по-рано мрачни мисли за суетата на всичко човешко. В същото време те забелязали усещането между тях защитени Наташа и принц Андрю, разлика между неговата си позиция и позицията на приятеля си, също подкрепя това мрачно настроение. Необходимо е също се опитва да избегне да мисли за жена си и за Наташа и принц Андрю. Отново, всичко изглежда незначителен в сравнение с вечността, отново, е въпросът: "Какво?". И това дни и нощи се принудени да работят на масонска работа, надявайки се да се предпази от подхода на зъл дух. Pierre в 12:00 излезе от покоите на графинята, седях на върха в задимената, стая с нисък таван в много износена дреха пред масата и да пренапише оригиналните скоч актове, когато някой влезе в стаята си. Това беше принц Андрю.
- О, това си ти, - каза Пиер с разсеяна и недоволство. - Но аз съм на работа, - каза той, сочейки към бележника с вида на спасение от мизерията на живот, с който нещастни хора гледат на работата си.
Принц Андрю с лъчиста, ентусиазиран и обновен живот на лицето и се спря пред Пиер, не забелязвайки тъжно му лице, с егоизма щастието се усмихна на себе си.
- Е, скъпа, - каза той - аз исках да ви кажа, вчера, а сега тя е пристигнал за вас. Никога не съм преживявал нещо подобно. Аз съм в любовта, моят приятел.
Пиер изведнъж въздъхна и падна с тежката си тяло на дивана до принц Андрю.
- В Наташа Rostova, а? - каза той.
- Да, да, на кого? Аз никога не бих повярвал, но усещането е по-силен от мен. Вчера аз страдах, пострада, но мъчението, което няма да се откаже от всичко на света. Аз не съм живял преди. Сега само аз, но не мога да живея без него. Но дали може да ме обичаш? ... Аз съм твърде стар за нея ... Това, което не кажа? ...







Предишен ◈ Следващото